Uno de los problemas que nos hemos encontrado siempre a la hora de indexar, es la presencia de enlaces en javascript, pues parece ser que desde hace un tiempo Google viene trabajando en ello y desde ahora comienza a indexar enlaces con javascript ( a pesar de ciertas deficiencias).
Por otra parte, la optimización de la distribución de Page Rank a través del atributo rel=”nofollow” parece ser que con los nuevos updates de algoritmos pasa a ser una técnica menos efectiva que antes.